Um dos recursos que o WordPress 2.9 possui, é a otimização do banco de dados. Antes do WP 2.9, você provavelmente utilizava algum plugin, ou fazia a otimização manualmente - caso você seja um jedi em MySQL :P . Agora nada disso é necessário, você precisa apenas adicionar uma linha de código PHP no seu wp-config.php:

define('WP_ALLOW_REPAIR',true);

Depois de adicionar a linha, abra a seguinte página em seu navegador: http://URL_DO_SEU_BLOG/wp-admin/maint/repair.php

Faça a otimização e depois remova a linha, para evitar que usuários não desejados tenham acesso à página. :)